Le mandat de l’UA-IAPSC est de coordonner et de fournir un soutien à la protection des ressources végétales pour le bien-être et le développement économique dans les États membres de l’Union africaine (UA). Plus précisément, le mandat particulier est;

• Empêcher l’introduction et la propagation de ravageurs qui attaquent et endommagent les cultures et les forêts en Afrique.
• Développer une stratégie commune contre l’introduction et la dissémination d’organismes nuisibles, notamment par l’harmonisation de la législation phytosanitaire.
• Assurer la coopération et une approche harmonisée dans tous les domaines de la protection des végétaux où les gouvernements prennent des mesures officielles (enregistrement des pesticides, certification du matériel végétal, accréditation des personnes qui appliquent des pesticides, etc.).
• Fournir un service de documentation pour la fourniture et l’échange d’informations dans tous les domaines de ses activités. Activités décrites dans la Déclaration de Maputo:
• Gestion des informations sur la protection des végétaux.
  Élaboration de stratégies contre l’introduction et la dissémination de phytoravageurs.
• Promotion de techniques de protection des plantes sûres et durables.
• Éclairer les États membres sur les implications de l’Accord SPS de l’OMC
• Accord sur le commerce agricole international.